Es la Unidad dentro del FHIS responsable de la planificación general de la institución, la elaboración y uso del mapa de pobreza que garantiza una buena focalización de recursos, la relación y comunicación con los organismos internacionales de financiamiento, los gobiernos cooperantes y las fuentes internas de financiamiento, y el monitoreo institucional a través de los indicadores de desempeño y la evaluación ex post. Diseña y aplica indicadores y está a cargo de la elaboración de informes al Gobierno Central y a las fuentes de financiamiento.