EL FHIS es una Institución Desconcentrada de la Presidencia de la República creada mediante Decreto del Congreso Nacional de la República No. 12-90 de fecha 2 de Marzo de 1990, de duración limitada, dotada de personalidad jurídica, patrimonio propio y con autonomía administrativa, técnica y financiera.
EL FHIS funciona en la Colonia Godoy, calle principal, antiguo Edificio del Instituto de Previsión Militar de la ciudad de Comayagüela, Departamento de Francisco Morazán.
El Fondo Hondureño de Inversión Social no tiene sus propias edificaciones, funciona en el antiguo Edificio del Instituto de Previsión Militar propiedad del mismo y es arrendado a través de La Administradora de Valores e Inmuebles S.A. (AVISA)