Es la dirección responsable de coordinar y ejecutar los servicios administrativos y el control financiero del FHIS; registrar y controlar las operaciones económicas, administrativas y financieras de los proyectos, con el fin de generar información confiable para la toma de decisiones; realizar los cierres contables; llevar al día los estados financieros de los convenios de préstamo y donaciones; y de verificar la existencia de fuentes de financiamiento para proyectos. Es la instancia responsable del cierre de los mismos.